普通高中毕业生飞行学员入海军航空大学后，统一安排入学资格复审、政治考核复查和体格复查，并实行3个月考察期，合格者取得学籍、军籍；军地高校毕业生飞行学员进入海军航空大学后，进行为期3至4年的航空理论学习和飞行训练。

在海军航空大学进行全日制本科基础教育和教练机飞行训练，根据身体条件等因素，区分不同机种进行培养，毕业考核合格的，获得大学本科学历和学士学位，授予相应军衔，成为飞行军官。由于身体或技术等原因不适合继续学习飞行的，安排转入海军航空大学其它地面本科专业学习。

新生入校后，海军航空大学根据联合培养计划，综合学员高考成绩、飞行潜质成绩和体验飞行成绩情况，择优推荐至北京大学、清华大学、北京航空航天大学进行联合培养，注册海军航空大学和相应地方高校“双学籍”。地方高校负责文化基础知识及相关专业理论教育，海军航空大学负责飞行专业理论及实践教育。毕业考核合格的，颁发海军航空大学和相应地方高校同时具印的毕业证书，获得学士学位，授予相应军衔，成为飞行军官。