海军飞行学员在海军航空大学接受全日制本科学历教育，入校3个月考察期满后取得学籍和军籍，前3年主要进行本科基础教育（“双学籍”飞行学员在北京大学、清华大学和北京航空航天大学培养），第4至5学年进行初、高教练机飞行训练。本科学业期满合格，按规定晋升为副连职军官，授予中尉军衔，继续完成高教机训练取得任职培训合格证书的，职务等级可按规定提前晋升为正连职。期间，因身体或技术等原因不适合继续飞行的，转入其他本科专业学习。

海军从每年招收录取的普通高中毕业生飞行学员中，选拔部分高考成绩优异、体验飞行合格、符合普通高等学校录取要求的学员，送入相关地方普通高等学校学习，同时注册军队院校、地方普通高等学校学籍(简称“双学籍”)。地方普通高等学校负责文化基础知识及相关专业理论教育，海军航空大学负责飞行专业理论及实践教育，时间分配由军队院校与相关普通高等学校根据教学需要确定，学制4年，学历本科。教学、训练和管理等工作由军队院校与普通高等学校共同负责;学员毕业考核合格的，颁发军队院校和普通高等学。 同时具印的毕业证书，并按规定授予相应学位，分配到海军部队从事飞行工作。

目前，海军与北京大学、清华大学和北京航空航天大学联合招收培养“双学籍”飞行学员。“双学籍”飞行学员录取分数线可下调一定幅度，其中北大、清华在考生所在省该校录取线基础上降60分(750分制)录取，北航按考生所在省一本线以上录取。学员在地方高校学习期间，享受军队院校飞行专业学员相关待遇。